Das Museum der Portiunkula ist ein wesentlicher Bestandteil der Reiseroute von Pilgern und Touristen, die von der Portiunkula über den Transitus und die Rosenkapelle die Erinnerungen des heiligen Franziskus in der päpstlichen Basilika Santa Maria degli Angeli besuchen. 

Die Säle beherbergen in chronologischer Reihenfolge die Werke, die das Museum besonders auszeichnet: das Kruzifix von Giunta Pisano (ca. 1236); der Heilige Franziskus und Engel des Meisters des Heiligen Franziskus (ca. 1260); eine Tafel, die den Heiligen Franziskus darstellt und Cimabue zugeschrieben wird (ca. 1290); die sogenannte Majestät des Heiligen Damian, die dem Meister des Kreuzes von Gubbio zugeschrieben wird (vor 1306); die Madonna del Latte, eine bemerkenswerte Skulptur aus polychromem Stein aus dem späten 14. Jahrhundert, die aus dem kleinen Turm auf der Fassade der Portiunkula stammt; ein wertvolles Altarbild aus glasierter Terrakotta, ein Meisterwerk von Andrea della Robbia (ca. 1475). 

Im Inneren des Museums kann auch des mittelalterliche Conventino besichtigt werden, d. h. das, was von den alten Zellen der Brüder übriggeblieben ist. Das Conventino wird derzeit als eindrucksvoller Ort für temporäre Ausstellungen sakraler Kunst genutzt.