Les salles abritent les œuvres qui ont valorisé le musée, en particulier et dans un ordre chronologique:

le Crucifix de Giunta Pisano (vers 1236); Saint François et Anges du Maître de San Francesco (vers 1260); un tableau représentant Saint François attribuée à Cimabue (vers 1290); l’œuvre dite Majesté de Saint Damien attribuée au Maître de la Croix de Gubbio (avant 1306);

; la Madone du Lait, une sculpture digne d’attention en pierre polychrome de la fin du XIVe siècle, venant du petit temple situé sur la partie supérieure de la façade de la Porziuncola; un retable précieux de terre cuite vitrée, œuvre magistrale d’Andrea della Robbia (vers 1475)