Il Museo della Porziuncola è parte integrante dell’itinerario dei pellegrini e dei turisti che, dalla Porziuncola al Transito e alla Cappella delle Rose, visitano le memorie di san Francesco presso la Basilica Papale di Santa Maria degli Angeli.

Le sale ospitano, in successione cronologica, le opere che hanno valorizzato il museo in particolare: il Crocifisso di Giunta Pisano (1236 ca.); il San Francesco e Angeli del Maestro di San Francesco (1260 ca.); una tavola raffigurante San Francesco attribuita a Cimabue (1290 ca.); la cosiddetta Maestà di san Damiano attribuita al Maestro della Croce di Gubbio (ante 1306); la Madonna del Latte, una notevole scultura in pietra policroma della fine del XIV secolo, proveniente dal tempietto posto sulla sommità della facciata della Porziuncola; un pregevole dossale in terracotta invetriata, opera magistrale di Andrea della Robbia (1475 ca.).

All’interno del museo è possibile visitare anche il Conventino medievale, ovvero ciò che resta delle antiche celle dei frati. Il Conventino è attualmente utilizzato come suggestiva sede di mostre temporanee di arte sacra.